Начиная с двадцатых годов прошлого века и до начала века нового, поликлиника и больница, с которых начиналась история Пироговского центра, предназначались для ученых и творческой интеллигенции. Здесь были консультантами лучшие из лучших российских врачей, призванные к оказанию высококвалифицированной медицинской помощи научной, а затем и творческой элите государства. Ускоренное развитие поликлиника для ученых и творческой интеллигенции, как предтеча Пироговского центра, получила в предвоенные и особенно в послевоенные годы. Модернизация ее корпусов продолжалась несколько десятилетий, начавшись в двадцатые и закончившись в шестидесятые годы, прежде чем они приобрели привычный для нас вид.
Проектные и строительные работы по возведению больницы для ученых и творческой интеллигенции выполнялись в
1951-1957 гг., когда директором поликлиники, находившейся в Гагаринском переулке, стал бывший заместитель министра здравоохранения РСФСР по лечебной работе Н.И. Ермолов. Это был опытный организатор, благодаря которому были предприняты энергичные меры для строительства новой московской больницы.28 октября 1958 г. первые больные поступили на стационарное лечение в больницу для ученых и творческой интеллигенции, когда еще не все лечебно-диагностические отделения приступили к работе в полном объеме.
Прошло еще несколько месяцев, прежде чем общее число развернутых в них коек сравнялось со штатным и достигло 300.
В течение 1960-1962 гг. и поликлиника, и больница для ученых и творческой интеллигенции были объединены в больнично-поликлинический комплекс, являвшийся первым объединением подобного рода в их истории.
В 1983 г. на Нижней Первомайской улице начинаются строительные работы по возведению здания новой поликлиники, которые продолжались в течение 7 лет. Лишь в 1991 г. несколько терапевтических, а также хирургическое, неврологическое, стоматологическое и прочие поликлинические отделения приступили здесь к работе.
В 1993-2001 гг. и поликлиника, и больница для ученых входили в состав второго больнично-поликлинического комплекса в их истории, который получил название лечебно-диагностического объединения Минздравмедпрома России.
В 2001 г. произошла его реорганизация с образованием на этой базе Государственного учреждения «Государственный медицинский центр Минздрава России».
01 ноября 2002 года Государственный медицинский центр Минздрава России был преобразован в Национальный медико-хирургический Центр Министерства здравоохранения Российской Федерации.
11 ноября 2003 г. Национальному медико-хирургическому Центру присвоено имя великого российского хирурга, ученого и общественного деятеля Николая Ивановича Пирогова.
Пироговский Центр предоставляет своим пациентам уникальную возможность решения большинства проблем со здоровьем в одном учреждении, используя, прежде всего, комплексный подход к лечению заболеваний и отлаженное взаимодействие высококвалифицированных специалистов различных профилей.